Na maioria das vezes, os cistos são funcionais, isto é, decorrem de um período fisiológico, que é a ovulação, e geralmente desaparecem sem tratamento cirúrgico. A ultrassonografia poderá sugerir este tipo de cisto. Este cisto não precisa ser retirado, pois desaparecerá espontaneamente após 3 a 4 meses. A paciente deverá ser controlada até o seu desaparecimento.

Na presença de outros tipos de cistos ovarianos, a paciente deve ser avaliada para o diagnóstico e decisão da conduta, com auxílio dos exames de imagem e exames laboratoriais.

Quando há indicação cirúrgica, a melhor opção é a cirurgia por videolaparoscopia. Com ela é possível, na maioria dos casos, retirar o cisto preservando o ovário, com pouco ou nenhum dano ao tecido ovariano. A cirurgia videolaparoscópica para tratamento dos cistos ovarianos é aconselhável, principalmente, para as pacientes que ainda desejam engravidar.